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JEFworks Lab - Welcome to the JEFworks Lab

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JEFworks Lab - Welcome to the JEFworks Lab

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Descripción

Lab website of Prof. Jean Fan and team work at Johns Hopkins University

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Palabras Claves (Keywords)

bioinformatics, single cell, spatial transcriptomics, spatially resolved transcriptomics, merfish, computational biology, research lab, JHU research opportunities

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Propiedad Contenido
title Welcome to the JEFworks Lab
locale en_US
description Lab website of Prof. Jean Fan and team work at Johns Hopkins University
url http://jefworks-lab.github.io//
site_name JEFworks Lab
image http://jefworks-lab.github.io//assets/banners/bg.jpg
type website

Titulos

H1 H2 H3 H4 H5 H6
4 7 1 0 0 0
  • [H1] Welcome to the JEFworks Lab, where Prof. Jean Fan and team work on statistical analysis approaches and machine learning tools for analyzing big spatially resolved omics data to better understand the molecular and spatial-contextual factors shaping cellular identity and heterogeneity in the context of human health and disease.
  • [H1]
  • [H1]
  • [H1]
  • [H2] We are a bioinformatics research lab in the Center for Computational Biology and the Department of Biomedical Engineering at Johns Hopkins University. Meet our team!
  • [H2] We develop bioinformatics methods for analyzing spatially resolved sequencing and imaging data.
  • [H2] We apply these bioinformatics methods to better understand the role of cellular heterogeneity in disease.
  • [H2] Latest Publications
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Meet our team! Interna Pasando Jugo
Gohta Aihara, Kalen Clifton, Mayling Chen, Zhuoyan Li, Lyla Atta, Brendan F Miller, Rahul Satija, John W Hickey, Jean Fan^. SEraster - a rasterization preprocessing framework for scalable spatial omics data analysis. Bioinformatics. June 20, 2024. doi.org/10.1093/bioinformatics/btae412 Interna Pasando Jugo
Lyla Atta, Kalen Clifton, Manjari Anant, Gohta Aihara, and Jean Fan^. Gene count normalization in single-cell imaging-based spatially resolved transcriptomics. Genome Biology. June 12, 2024. doi.org/10.1186/s13059-024-03303-w Interna Pasando Jugo
Kalen Clifton*, Manjari Anant*, Gohta Aihara, Lyla Atta, Osagie K Aimiuwu, Justus M Kebschull, Michael I Miller, Daniel Tward^, Jean Fan^. STalign - alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping. Nature Communications. December 8, 2023. doi.org/10.1038/s41467-023-43915-7 Interna Pasando Jugo
Brendan F Miller, Feiyang Huang, Lyla Atta, Arpan Sahoo, Jean Fan^. Reference-free cell type deconvolution of pixel-resolution spatially resolved transcriptomics data. Nature Communications. 2022. doi:/10.1038/s41467-022-30033-z Interna Pasando Jugo
Lyla Atta, Jean Fan^. Computational challenges and opportunities in spatially resolved transcriptomic data analysis. Nature Communications. 2021. doi:10.1038/s41467-021-25557-9 Interna Pasando Jugo
Spatial Transcriptomics As Rasterized Image Tensors (STARIT) characterizes cell states with subcellular molecular heterogeneity Interna Pasando Jugo
STcompare - comparative spatial transcriptomics data analysis of structurally matched tissues to characterize differentially spatially patterned genes Interna Pasando Jugo
Impact of Data Quality on Deep Learning Prediction of Spatial Transcriptomics from Histology Images Interna Pasando Jugo
Spatiotemporal transcriptomic analysis during cold ischemic injury to the murine kidney reveals compartment-specific changes Interna Pasando Jugo
Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling Interna Pasando Jugo
Prof. Fan teaches first year BME PhD students about the limitations of summary statistics and the importance of visualizing your data! Interna Pasando Jugo
Dr. Fan and Caleb give invited talks at the Broad Institute Models, Inference, and Algorithms seminar series. Interna Pasando Jugo
Prof. Fan teaches Genomic Data Visualization again this semester! JEFworks Lab members give guest lectures in the Genomic Data Visualizations class. Interna Pasando Jugo
Vivien and Kalen presents their work at the WSE/DOM retreat. Thanks to Liz and Rafael for the photos. Interna Pasando Jugo
Dr. Fan gives an invited talk at the Center for Bioinformatics and Quantitative Biology at University of Illinois at Chicago. Interna Pasando Jugo
Vibe coding with SEraster and STcompare to compare spatial transcriptomics technologies Interna Pasando Jugo
RNA velocity in situ infers gene expression dynamics using spatial transcriptomics data Interna Pasando Jugo
Analyzing ICE Arrest Data - Part 2 Interna Pasando Jugo
Analyzing ICE Detention Data from 2021 to 2025 Interna Pasando Jugo
Creative Commons Attribution 4.0 International License Externo Pasando Jugo

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Nube de Palabras Clave

transcriptomics fan spatial data jean lab heterogeneity spatially analysis bioinformatics

Consistencia de las Palabras Clave

Palabra Clave (Keyword) Contenido Título Palabras Claves (Keywords) Descripción Titulos
fan 15
data 14
spatial 12
jean 10
transcriptomics 9

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Dominio : jef.works

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